绍兴市上虞第二人民医院前身为崧厦区卫生所，创建于1951年12月，由私人医院崧陵济生医院、仁济医院、大公医院、德济医院逐步演变整合成立，位于崧厦镇东市，医务人员7人，住院床位9张，1961年改称崧厦区卫生院。
1965年医院迁至崧厦西市（崧镇南路2号），拥有医务人员57人，住院床位65张。
1988年4月，更名为上虞市崧厦医院，经省卫生厅批准晋升为县级医院，为上虞市第二家综合性医院，核定床位100张，职工总数94人。
1992年5月新建住院大楼一幢，设内、外、妇三个病区，床位120张。
1993年4月13日被评为Ⅰ级乙类综合性医院（国家标准：Ⅱ级丙类）。
1999年7月，根据上虞市编制委员会文件，对乡镇医疗卫生机构进行调整，原华镇卫生院、联丰卫生院、新建卫生院分别更名为崧厦医院华镇分院、崧厦医院联丰分院、崧厦医院新建分院，并取消原法人资格，人事、财务由崧厦医院统一管理。
2000年6月改名为上虞市第二人民医院，下属三分院亦相应更名。
2002年11月，因上虞行政区划调整，原沥东镇的三联、四埠卫生院由上虞市第二人民医院统一管理并相应更名。
2005年7月整体迁入现址：绍兴市上虞区崧厦镇百崧路328号，邮编：312365
2005年10月核定床位160张。
2005年12月被评为二级乙等综合性医院。
2008年8月8日增挂“崧厦镇社区卫生服务中心”，下属五个卫生院更名为社区卫生服务站，同时陆续新建10个社区卫生站。
2011年11月17日与浙医一院结为协作医院并开通网络医疗服务平台。
2012年5月，调整崧厦镇区域卫生规划设置，撤销吕家埠、舜源社区卫生服务站，变更为村卫生室，同时把原有53个村卫生室调整为20个村卫生室，调整后的村卫生室全部纳入医院紧密型一体化管理。
2012年8月15-16日接受浙江省卫生厅“二级甲等综合性医院”评审检查，2013年1月省卫生厅发文公布：评定为“二级甲等综合性医院”。
2014年2月，因上虞撤市设区，医院名称变更为绍兴市上虞第二人民医院，挂绍兴市上虞区崧厦镇社区卫生服务中心牌子
2015年12月，因卫生和计划生育局合并，增挂“绍兴市上虞区崧厦镇妇幼保健计划生育服务站”牌子